Galapagar está ubicado en las estribaciones de la sierra de Guadarrama. Dentro del municipio se halla parte del Parque Regional del curso medio del río Guadarrama y su entorno, caracterizado por el predominio del bosque mediterráneo y de ribera, así como por la existencia de amplias zonas de pastos.

Encinas, enebros, fresnos, jaras, quejigos y pinos se cuentan entre las principales especies vegetales del municipio. Galapagar tiene un clima mediterráneo con estaciones más pronunciadas debido a la altitud y la lejanía del mar. Los inviernos son frescos, mientras que los veranos son muy cálidos.

Galapagar es el 22.º municipio más habitado de la Comunidad de Madrid. Cerca del 30% de sus pobladores viven en las urbanizaciones del término municipal, no en el núcleo urbano. Destaca especialmente la zona de La Navata, donde se asienta una estación de tren, que cuenta con un código postal propio. Otra de sus urbanizaciones es la Colonia España. Se trata de un lugar residencial ubicado en las cercanías del término municipal de Collado Villalba y al lado de la zona comercial P-29. Cuenta con otra estación de tren, la de San Yago. Su eje vertebrador es la Cañada Real Segoviana que destaca por su importante valor ecológico. El municipio cuenta con un buen número de ciudadanos de origen extranjero (un 17% de su población empadronada).