Galapagar está ubicado en las estribaciones de la sierra de Guadarrama. Dentro del municipio se halla parte del Parque Regional del curso medio del río Guadarrama y su entorno, caracterizado por el predominio del bosque mediterráneo y de ribera, así como por la existencia de amplias zonas de pastos.

Encinas, enebros, fresnos, jaras, quejigos y pinos se cuentan entre las principales especies vegetales del municipio. Galapagar tiene un clima mediterráneo con estaciones más pronunciadas debido a la altitud y la lejanía del mar. Los inviernos son frescos, mientras que los veranos son muy cálidos.